Οι κυριότερες αιτίες του προβλήματος αφορούν πρώτον, στην έλλειψη στελέχωσης των ΔΥΠΕ (Διοικήσεις Υγειονομικών Περιφερειών) από εξειδικευμένο επιστημονικό προσωπικό ώστε να παίξουν τον κύριο εποπτικό και συμβουλευτικό τους ρόλο και δεύτερον, στην απουσία εφαρμογής ενός συστήματος αξιολόγησης των μάνατζερ, αφού ποτέ δεν αξιοποιήθηκε ο θεσμός των «συμβολαίων αποδοτικότητας». Τρίτον, δεν αξιοποιήθηκαν από τους μάνατζερ τα επιχειρησιακά σχέδια των νοσοκομείων, ενώ γι’ αυτά δαπανήθηκαν χιλιάδες ευρώ και δεν εφαρμόσθηκαν ποτέ σύγχρονοι τρόποι χρηματοδότησης των νοσοκομείων όπως είναι οι σφαιρικοί προϋπολογισμοί. Τέλος, η απουσία επιστημονικών μεθόδων διοίκησης, όπως για παράδειγμα η ορθολογική διαχείριση, ο στρατηγικός σχεδιασμός, η εισαγωγή ηλεκτρονικής παρακολούθησης της παραγωγικής διαδικασίας, η πλήρης μηχανογράφηση των υπηρεσιών, καθώς επίσης η εφαρμογή αναλυτικής λογιστικής και Ομοειδών Διαγνωστικών Ομάδων (DRGs).
Ωστόσο, τα χρέη των νοσοκομείων που παραμένουν ανεξόφλητα προς τις φαρμακευτικές εταιρείες έφθασαν τα 5,22 ευρώ στις 31.12.2008. Οι προαναφερθείσες αιτίες, αλλά και η αδυναμία συντονισμού του υπουργείου για να προχωρήσει σε ενιαίους διαγωνισμούς, όπως είχε αποφασιστεί αρχικά, κατέληξε στη διόγκωση των ανεξόφλητων λογαριασμών των νοσοκομείων. Το 45% σχεδόν των χρεών οφείλεται στις δαπάνες για τα φάρμακα, ενώ το υγειονομικό υλικό και τα αντιδραστήρια κατέχουν το 18% και 12% αντίστοιχα. Πρωταθλητές στα χρέη είναι οι υγειονομικές περιφέρειες 1η Αττικής, 6η Πελοποννήσου και 2η Πειραιώς. Τα αποτελέσματα αυτά συμβαδίζουν με τις παραπάνω διαπιστώσεις που αφορούν στην ανικανότητα της οργανωτικής διάρθρωσης των μονάδων υγείας και στην ανισότητα του ιατρικού δυναμικού μεταξύ των υγειονομικών περιφερειών.
Σε μια έρευνα συγκριτικής αξιολόγησης που αφορούσε σε δείγμα εβδομήντα γενικών νοσοκομείων περίπου και η οποία πραγματοποιήθηκε από το Εργαστήριο Συστημάτων Χρηματοοικονομικής Διοίκησης σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας, βρέθηκε μέσο έλλειμμα αποδοτικότητας 23,5%. Αυτό σημαίνει ότι τα νοσοκομεία δεν αξιοποιούν ορθολογικά τους παραγωγικούς συντελεστές (εργατικό δυναμικό, μηχανήματα, κλίνες) και αυτό έχει ως αποτέλεσμα τη μειωμένη αποδοτικότητά τους. Η πρώτη υγειονομική περιφέρεια Αττικής αγγίζει τον 40% μέσο όρο έλλειμμα αποδοτικότητας και ακολουθεί η 2η Πειραιώς με 32,47%.
Απαιτείται λοιπόν, μεγαλύτερη συνειδητοποίηση του ιατρικού κόσμου για την αναγκαιότητα οικονομικής αποτίμησης στον χώρο της υγείας και εντατικοποίηση των ερευνών ιδιαίτερα σε επίπεδο υπηρεσιών υγείας. Είναι επιτακτική επίσης η δημιουργία ενός συστήματος εθνικών καταγραφών, χρηματοδότησης και παροχής καθοδήγησης σε θέματα που αφορούν τη χρηματοοικονομική διαχείριση των νοσοκομειακών μονάδων προκειμένου να αποφεύγεται η υπερβολική συσσώρευση χρεών. Για όλους αυτούς τους λόγους κρίνεται αναγκαία η χάραξη μιας εθνικής πολιτικής υγείας που θα οδηγήσει σε συνολικό επανασχεδιασμό και αναδιάρθρωση των υπηρεσιών Υγείας στη χώρα μας.