Το νέο μισθολόγιο θα προκαλέσει και νέες παρενέργειες, καθώς η κυβέρνηση δεν έχει αποσαφηνίσει πλήρως τι προτίθεται να κάνει και με τον κυκεώνα των ειδικών επιδομάτων που χορηγούνται σήμερα μέσω των ειδικών λογαριασμών σε διάφορες κατηγορίες δημοσίων υπαλλήλων. Η επιδοματική πολιτική, την οποία ακολούθησε πιστά και η κυβέρνηση της ΝΔ, αποτελεί πλέον ένα σκάνδαλο πρώτου μεγέθους. Οχι μόνο γιατί ευνοεί τις συντεχνίες και καλλιεργεί την ευνοιοκρατία και το ρουσφέτι, αλλά και διότι αποτελεί μία από τις κύριες εστίες διαφθοράς στο Δημόσιο και διασπάθισης του δημοσίου χρήματος. Στην κυβέρνηση ουδείς γνωρίζει μετά απολύτου βεβαιότητος την έκταση των ειδικών επιδομάτων, αν και καταβλήθηκαν φιλότιμες προσπάθειες από το Γενικό Λογιστήριο του Κράτους να καταγραφούν οι ειδικοί λογαριασμοί. Η κυβέρνηση της ΝΔ από την ημέρα ανάληψης
της διακυβέρνησης της χώρας κατέβαλε περίπου 45 νέα ειδικά επιδόματα τα οποία εκκρεμούσαν, όπως προκύπτει και από τον σχετικό κατάλογο που είχε συντάξει το υπουργείο Εσωτερικών. Είναι ενδεικτικό ότι πολλά από αυτά δεν καλύπτονται ούτε καν από τον προϋπολογισμό, αλλά χορηγούνται από τα έσοδα των υπηρεσιών, παρ΄ ότι επιβαρύνουν έτσι κι αλλιώς τον προϋπολογισμό. Ετσι, για παράδειγμα, οι υπάλληλοι του υπουργείου Οικονομίας, του οποίου προΐσταται ο κ. Αλογοσκούφης, εδώ και πέντε χρόνια περίπου «διεκδικούσαν» και εν μέρει πέτυχαν την καταβολή νέου επιδόματος που θα λαμβάνουν οι χειριστές ηλεκτρονικών υπολογιστών, αναπροσαρμογή των εξόδων κίνησης με αύξηση 5%, χορήγηση τεχνικού επιδόματος στο τεχνικό προσωπικό (ως πριμ παραγωγικότητας, επισκευής, αντικατάστασης, συντήρησης κ.λπ.).