Απειλή για την ασφάλεια της φαρμακευτικής περίθαλψης των νοσηλευόμενων ασθενών, αλλά και για τα οικονομικά του ΕΣΥ, αποτελούν οι τραγικές ελλείψεις φαρμακοποιών στα δημόσια νοσοκομεία. Οπως καταγγέλλει η Πανελλήνια Ενωση Φαρμακοποιών Νοσηλευτικών Ιδρυμάτων (ΠΕΦΝΙ), δέκα νοσοκομεία της χώρας δεν έχουν φαρμακοποιό –μεταξύ αυτών το Πανεπιστημιακό Λάρισας και τα νοσοκομεία Βέροιας και Ρόδου–, σε 56 άλλα νοσοκομεία υπηρετεί μόνο ένας φαρμακοποιός, ενώ σε μεγάλα νοσοκομεία της Αθήνας, όπως π. χ. το Κοργιαλένειο Μπενάκειο, υπηρετούν μόλις δύο φαρμακοποιοί με αδυναμία κάλυψης της εφημερίας. Αξίζει να σημειωθεί ότι έχουν παγώσει οι προσλήψεις την τελευταία τριετία, καθώς εκκρεμεί η έκδοση Προεδρικού Διατάγματος για τις νέες διαδικασίες προσλήψεων φαρμακοποιών νοσοκομείων.
Συνολικά, στα φαρμακεία των 132 νοσοκομείων της χώρας υπηρετούν σήμερα μόλις 286 φαρμακοποιοί, αριθμός που υπολείπεται κατά 45% από τις προβλέψεις των Οργανισμών των νοσοκομείων. Και αυτό όταν τα εν λόγω φαρμακεία διαχειρίζονται το 30% των λειτουργικών δαπανών των νοσοκομείων και η νοσοκομειακή φαρμακευτική δαπάνη αγγίζει τα 2 δισ. ευρώ τον χρόνο. Η ΠΕΦΝΙ έχει ενημερώσει την ηγεσία του υπουργείου Υγείας για το πρόβλημα, ενώ παράλληλα έχει καταθέσει και τις προτάσεις της για μία νέα φαρμακευτική πολιτική. Μεταξύ αυτών είναι και η θέσπιση νοσοκομειακών συσκευασιών ημερήσιας δόσης για τα φάρμακα, όπως άλλωστε έχει προτείνει και ο ΕΟΦ. Η απουσία νοσοκομειακών συσκευασιών οδηγεί σε μεγάλη σπατάλη πόρων στο νοσοκομείο. Είναι χαρακτηριστικό ότι μπορεί για μία μόνο κάψουλα να διατεθεί συχνά ολόκληρη καρτέλα φαρμάκου.